Nazwa Indonezja pochodzi od dwóch greckich słów: indos oznacza indyjski, nesos oznacza wyspa. Jest to pasująca nazwa do archipelagu składającego się z 17 508 wysp. Taka ilość wysp i wysepek sprawia, że jest to największy kraj wyspiarski na świecie. Szacuje się, że około 6000 wysp jest zamieszkałych.
Obszar Indonezji jest podzielony na trzy regiony: wyspy Sumatra, Jawa, Kalimantan i małe wyspy. Pięć głównych wysp to: Sumatra - Sumatera (ponad 470 km kw.), Jawa (najgęściej zaludniona i najżyźniejsza, ponad 130 km kw.), Kalimantan (stanowi 2/3 wyspy Borneo, prawie 540 km kw.), Sulawesi - Celebes (prawie 190 km kw.) i Irian Zachodni stanowiący część Papui Nowej Gwinei, (prawie 422 km kw.). Mniejsze wyspy stanowią archipelag Małych Wysp Sundajskich (Bali, Flores, Lombok, Sumba i Sumbawa) oraz archipelag Maluków (Komodo, Halmahera i Seram).
Archipelag indonezyjski rozciąga się na przestrzeni ponad 5000 kilometrów wzdłuż równika (to jest w przybliżeniu odległość od Irlandii po Kaukaz), tworząc pomost między Azją i Australią. Z południa na północ rozpościera się na długości 1750 kilometrów. Jego brzegi opływa Ocean Spokojny i Indyjski. Powierzchnia Indonezji to 1,9 miliona km kw. (ląd). Obszar wodny wynosi 7,9 milionów km kw. (łącznie z 200 milową Wyłączną Strefą Ekonomiczną) i stanowi 81% całkowitej powierzchni kraju (ląd i woda).
Według innych szacunków ocenia się, że w skład Indonezji wchodzi 13 667 wysp. Na mapach morskich niektóre rejony Indonezji są wprost zasiane wyspami i wysepkami, z których wiele jest niezamieszkanych z powodu braku wody pitnej i jakiegokolwiek schronienia. W całym archipelagu dominuje jednak pięć wielkich wysp: Sumatra, Borneo, należące w większości do Indonezji i zwane po indonezyjsku Kalimantan, Jawa. Celebes (indonezyjskie Sulawesi) oraz Nowa Gwinea, której zachodnia część stanowi indonezyjską prowincję o nazwie Irian Zachodni. Na nich znajdują się główne ośrodki kulturalne, gospodarcze i polityczne tego największego wyspiarskiego kraju na świecie.
Indonezja dzieli się dość wyraźnie na dwie części, zachodnią i wschodnią. Do Indonezji Zachodniej zalicza nic Sumatrę, Borneo, Jawę i Bali. Wyspy te tak ze względu na podobieństwa fauny i flory, jak i liczne związki kulturowe, bardzo wiele łączy z sąsiadującym Półwyspem Malajskim, malajską częścią Borneo oraz filipińską wyspą Palawan. Ta cześć archipelagu indonezyjskiego nosi nazwę Wielkie Wyspy Sundajskie i w przeszłości tworzyła południowo-wschodnią częścią kontynentu jeden ląd. tzw. ląd Sunda. Znajdował się on w obrębie szelfu sundajskicgo, stanowiącego część zalanego morzem kontynentu azjatyckiego, gdzie głębokość oceanu nic przekracza 40 metrów. Wraz ze zmianami poziomu morza w różnych epokach geologicznych obszary te to traciły, to odzyskiwały połączeniu między sobą i z kontynentem, co umożliwiało okresowe rozprzestrzenianie się na terenie wysp różnych gatunków zwierząt i roślin pochodzących z głębi azjatyckiego lądu. Natomiast, leżące poza szelfem sundajskim wyspy Indonezji Wschodniej, która rozciąga się od Celebesu lub Sulawesi, jak nazywają (tę wyspę Indonezyjczycy, poprzez Małe Wyspy Sundajskie i Moluki do Iranu Zachodniego, nigdy nie miały połączenia z większym lądem.
Irian Zachodni, jak i cała Nowa Gwinea, znajdująca się w obrębie australijskiego szelfu kontynentalnego, w przeszłości stanowił część Australii tworząc wraz z nią tzw. ląd Sahul.
Różnice w przeszłości geologicznej obu części Indonezji znalazły swe odzwierciedlenie w zróżnicowaniu przyrodniczym. Zauważył to z górą 120 lat temu znakomity brytyjski zoolog i wytrawny podróżnik, Alfred Russel Wallace, którego prace dały światu naukowe świadectwo o znaczeniu tego rejonu Ziemi dla badań przebiegu procesów ewolucji życia.
Indonezja Wschodnia składa się z dwóch odrębnych obszarów: Irianu Zachodniego, czyli indonezyjskiej części Nowej Gwinei, oraz małych wysp miedzy azjatyckim szelfem kontynentalnym a szelfem australijskim, zwanych od Alfreda Wailace'a - Wallaceą. Waliacea nie jest ani australijska, ani azjatycka, nie jest leż pod względem biologicznym zwykłą mieszanką gatunków z obu kontynentów. Na wielu jej wyspach i wysepkach można znaleźć organizmy nie występujące na żadnym z dwóch sąsiadujących lądów.
W części "azjatyckiej" występują tygrysy, niedźwiedzie, słonie, bawoły, nosorożce, małpy i in. W części "australijskiej" występuje głównie kolorowe ptactwo oraz torbacze, takie jak: kangur drzewny. Strefę przejściową tworzy Indonezja centralna. Do interesujących i zagrożonych gatunków występujących w Indonezji można zaliczyć: warana z Komodo; kazuary należące do grupy nielotów; rajskie ptaki; dzioborożce (ptaki z ogromnymi dziobami i rogowymi naroślami); tygrysa sumatrzańskiego i jawajskiego, który jest prawie na wymarciu; nosorożce z jednym lub dwoma rogami i in. Indonezja słynie też z przepięknych ryb ozdobnych.
Ląd jest pokryty w większości gęstym tropikalnym lasem deszczowym. Gleby są regularnie użyźniane osadami wulkanicznymi. Do bogatej flory Indonezji możemy zaliczyć wiele unikalnych roślin w różnych postaciach. Raflezja Arnolda jest rośliną pasożytniczą, posiadającą największy kwiat na świecie (do l m średnicy). Amorfofalus, inaczej znany pod nazwą dziwidło, posiada kwiatostan do l m i wydziela zapach podobny do padliny. Dzbanecznik (nepentes) jest byliną owadożerną. Łapie owady w dzbaneczki z cieczą trawienną. Oprócz tego występuje ogrom orchidei (niektóre jadalne) i grzybów. Do flory należy również wiele użytecznych gatunków, takich jak: drzewo tekowe i sandałowe, heban i in. Znanych jest około 6000 gatunków roślin wykorzystywanych pośrednio lub bezpośrednio przez ludzi. Kwiaty są również niezastąpione podczas ceremonii i świąt.
W Indonezji znajduje się ponad 400 wulkanów, z których około 100 jest czynnych a pozostałe są wygasłe. Najbardziej znanym wulkanem jest najprawdopodobniej Krakatau, którego wybuch w 1883 roku zabił tysiące ludzi na Jawie i Sumatrze, wywołał trzęsienia ziemi i fale pływowe na całej planecie, inne wulkany to Agung, Bromo, Semeru. Najwyższym szczytem jest Puncak Jaya (Irian Jaya) a najgłębszy punkt znajduje się 5000 m poniżej poziomu morza (rejon wyspy Sulawesi).
